三周目是口袋妖怪白金光中捕捉神兽和挑战世界联盟的关键阶段。通关二周目后，玩家需返回初始小镇，在镇后山洞内可捕捉创世神阿尔宙斯。青瓷市左上方乘热气球可前往特定区域，但汉化版可能存在BUG，需切换英文版串档解决。部分神兽如红水都、蓝水都分布在翡翠市上方海域或方圆市右侧湖泊，等级均为40级。垂暮森林左下角可遇到50级红圣菇，而方圆市左侧则能捕捉蓝圣菇。
玩家需在二周目初始城镇与劲敌多次对战，触发神兽出现条件。代欧奇希斯、雪拉比、玛娜菲等神兽需通过特定方式解锁，例如潜入海底或使用冲浪术抵达隐藏岛屿。御龙市上方冲浪至416号道路可捕捉50级酋雷姆，而蒸汽团基地左侧门内藏有50级超梦。部分神兽如岩神柱、钢神柱需在葵门市和斑斓市附近洞窟使用攀岩技能才能遇到。
在方圆市乘坐火车抵达联盟后，需先击败雪柔市的大吾和御龙市外的隐藏训练师获取通行证。联盟前三场战斗对手精灵随机，等级分别为60、65、70级。最终对手小智的阵容包括Lv.100妙蛙花、卡比兽等全满级精灵，建议提前培养克制属性的队伍。胜利后玩家名字将载入荣誉殿堂，成为世界联盟冠军。
泽理联盟四天王房间内设有技能商店，出售全部50个技能机；洛林联盟四天王房间则提供43种树果。垂暮市下方森林可获取40级雪拉比，艾玛镇右上方祁连洞窟深处藏有40级岩神柱。部分区域如冰暴洞窟需重复挑战二周目剧情才能解锁，建议按攻略顺序逐步探索以避免卡关。
该阶段游戏内容以自由探索为主，玩家可自行规划神兽捕捉顺序。注意汉化版在青瓷市捕捉阿尔宙斯时可能出现传送BUG，建议提前存档。战斗边疆是练级重要场所，通过火车票可快速往返。神兽队伍配置推荐搭配不同属性技能，以应对世界联盟的高强度对战。
