口袋妖怪火红火红版口袋妖怪的剧情主要分为六个核心章节，每个章节围绕主角的冒险旅程展开，从初始城镇到最终挑战四天王和冠军。游戏剧情设计遵循线性推进与区域探索相结合的模式，通过道馆挑战、反派组织对抗和神兽捕捉等元素串联起完整的故事线。
第一章以真新镇为起点，主角从大木博士处获得初始宝可梦后，需前往常磐市完成包裹送达任务并取得宝可梦图鉴。这段剧情包含与劲敌的首次对战，以及穿越常磐森林的初级探索。随后在尼比市挑战首个岩石系道馆馆主小刚，标志着正式进入道馆挑战环节。月见山事件作为本章关键转折，揭露了火箭队抢夺化石的阴谋，同时引入了古代宝可梦复活的重要设定。
第二章剧情围绕华蓝市和枯叶市展开，包含水上交通工具圣安奴号的特殊事件。玩家需解决正辉的人兽形态转换问题获取船票，并在游轮事件中挫败火箭队的行动。枯叶市电系道馆的机关解谜设计成为本章亮点，同时游戏开始引入秘传技能机制，如居合斩和闪光术，这些技能直接影响后续地图探索的进度。紫苑镇的宝可梦塔事件则首次涉及幽灵系宝可梦的特殊对战机制。
第三章以彩虹市为核心场景，重点刻画了与火箭队在游戏厅地下基地的全面冲突。玩家需要通过复杂的电梯谜题找到火箭队首领坂木，这段剧情揭示了组织企图控制宝可梦的阴谋。同时彩虹百货大楼的支线任务提供了伊布等稀有宝可梦的获取途径。紫苑镇事件后续发展中，获取的宝可梦笛子成为唤醒沉睡卡比兽的关键道具，这直接关系到后续道路的通畅性。
第四章剧情推进至浅红市和双子岛，狩猎区的特殊任务要求玩家掌握冲浪和推石等秘传技能。这里首次出现需要特定技能组合才能到达的隐藏区域，如需要同时使用冲浪和怪力才能抵达的急冻鸟栖息地。道馆挑战难度显著提升，馆主阵容开始出现具有进化最终形态的宝可梦，对玩家的队伍培养深度提出更高要求。
最终章节聚焦于冠军之路和四天王挑战，玩家需要穿越复杂的岩山隧道并收集全部八枚徽章才能获得挑战资格。四天王的战斗采用属性专精队伍设计，依次为冰系、格斗系、毒系和龙系专家，最终与冠军青绿的对决检验玩家全程培养成果。通关后的七岛剧情则扩展了地图探索内容，包含火焰鸟等传说宝可梦的捕捉任务，为完整收集提供更多可能性。
