司马懿在少年三国志2中定位为兼具输出与辅助功能的法术型武将，其核心争议围绕技能机制与阵容适配性展开。主动技能隙中推演提供150%技术属性的AOE伤害并追加同等伤害，配合被动崩裂雾波在敌方单位死亡后恢复怒气，形成持续输出循环。部分玩家认为其群体伤害虽高但缺乏爆发性，尤其在面对高防御阵容时表现平庸，而另一派则强调其战场控制能力通过妙计破军降低敌方防御的特性可有效提升团队整体输出效率。
关于司马懿的辅助能力，争议集中在治疗与减怒效果的实用性上。其技能可随机对四名敌人造成法术伤害并有概率减少怒气，同时降低敌方全体伤害减免并治疗己方全体。低星状态下治疗量约为甄姬的70%，七星时持平，但平A回血量仅为技能的三分之一，实战中难以替代专职奶妈。减怒效果触发概率30%-40%，平均每回合影响1-2名敌人，需搭配其他减怒武将才能形成压制链。这种设计导致玩家对其定位产生分歧：是作为副C补充伤害，还是作为功能型辅助替代传统治疗。
觉醒任务需角色达到高等级并消耗大量金币与觉醒石，战斗考验要求玩家精准操作以应对高难度挑战。部分玩家认为其觉醒后战力提升显著，技能特效与外形变化值得投入；而资源有限的玩家则倾向于培养更易成型的单体爆发型武将。这种分歧在魏国阵容中尤为明显，当队伍已拥有曹操等控制核心时，司马懿的多功能特性易被边缘化。
在群体输出为主的阵容中，其AOE伤害与减防效果能最大化收益；而追求快速击杀的阵容则可能更青睐郭嘉等单体高伤武将。游戏内并未绝对优劣之分，关键在于资源分配与阵容协同。历史形象赋予司马懿睿智之象的标签，但玩家需根据实际战局判断其是否适配当前版本的主流玩法。
