二周目开启后，玩家将获得船票并解锁全国图鉴，这是探索丰缘地区更深层次内容的关键。初始阶段需要前往水静市乘船，触发对战开拓区的剧情。该区域包含多个战斗设施，如对战塔和战斗工厂，挑战成功后能获得对战点数，用于兑换稀有道具。建议优先完成对战塔的双打和多人战，队伍配置需兼顾输出与联防，避免因属性克制陷入被动。
天空之柱是二周目的核心探索地点，需从131航道游泳进入。此处可捕捉烈空坐，但迷宫地形复杂，建议提前准备会碎岩和闪光技能的宝可梦。烈空坐的战斗难度较高，需携带冰系或龙系技能应对。完成天空之柱剧情后，可解锁裂空座与代欧奇希斯的联动事件，进一步丰富剧情体验。
丰缘地区的隐藏神兽分布广泛，如雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁需通过解谜触发。三神柱的捕获需要分别在特定地点完成机关互动，例如布告石室的符文解密。拉帝亚斯和拉帝欧斯会随机在地图游走，使用追踪道具可提高遭遇效率。神兽战斗前务必保存进度，避免因意外失败导致重复探索。
二周目的资源获取效率显著提升，可通过重复挑战四天王积累经验值。对战塔的点数兑换系统提供稀有进化石和技能机，如龙之舞和冰冻光束。建议优先兑换对队伍强度提升明显的道具。秘密基地的家具收集和布置能为战斗提供额外增益，部分隐藏家具需通过NPC互动或特殊事件解锁。
最终阶段可挑战地区冠军大吾，其队伍以钢系和岩石系为主，弱点集中于格斗与地面属性。战斗前需调整队伍平衡性，避免过度依赖单一属性。完成冠军战后将解锁更多传奇剧情，为后续探索奠定基础。二周目的整体流程强调策略性与探索深度，合理规划能大幅提升游戏体验。
