选择合适的宠物对于游戏进程至关重要。初始御三家中，小火龙因其后期进化喷火龙的高种族值和双属性优势成为热门选择，但妙蛙种子和杰尼龟同样具备战略价值。妙蛙种子的草/毒属性在前期对抗水系和岩石系道馆时表现突出，而杰尼龟进化后的水箭龟则能学习冲浪、攀瀑等关键技能。常磐森林早期可捕获的皮卡丘虽然攻击力有限，但其电系技能对水系和飞行系敌人有显著克制效果。
工具宠的配置直接影响地图探索效率。快龙凭借学习面广泛的特点成为全能工具宠，可掌握闪光、飞天、碎岩等关键技能。热带龙因其独特的技能组合也备受推崇，尤其是飞空术的实用性。可达鸭则是性价比极高的选择，能同时学习冲浪、怪力等秘传技能。尼多王/尼多后这类多面手宠物同样值得培养，它们能覆盖剪切、碎岩等多种功能需求。合理分配工具宠的技能栏位，能有效减少队伍切换频率。
火焰鸟位于灯火山山顶，需准备冰系或水系宠物应对其火+飞行属性；闪电鸟在无人发电厂出现，地面系宠物可完全免疫其电系攻击；急冻鸟则隐藏在双子岛瀑布后方，建议携带钢系或火系宠物对抗。三神兽均为50级，需提前准备足够的高级球和状态异常技能。超梦作为隐藏神兽，需通关后前往华蓝洞窟深处捕获，其超能力属性对战斗有极高战略价值。
队伍搭配需兼顾属性平衡和技能互补。宝石海星凭借高速和高特攻成为水系主力，能学习急冻光线、十万伏特等广打击面技能；耿鬼的幽灵属性在对抗超能力系时优势明显，搭配催眠术和食梦技能可形成强力控场；卡比兽则是典型的坦克型宠物，高HP和防御使其能承受大量伤害。雷伊布凭借130的速度种族值可替代部分电系神兽职能，尤其在对抗水系敌人时表现优异。培养时应关注个体性格对属性的影响，如胆小性格对速度型宠物的增益。
饲育屋能辅助提升宠物等级，但需注意无法通过此方式学习新技能。游戏中心兑换的技能机器如急冻光线、十万伏特等，应优先分配给核心输出宠物。隐藏道具如剩饭（携带后每回合恢复HP）可大幅提升生存能力，建议配置给卡比兽等防御型宠物。化石复活获得的镰刀盔或菊石兽，可根据队伍短板选择培养方向，前者物攻突出后者特防优异。
通关后的培养重点转向个体值优化和技能组合。通过战斗探测器在灯火山等区域刷级时，建议搭配幸运蛋加速经验获取。部分宠物如伊布拥有多种进化分支，需根据战术需求选择水/雷/火伊布形态。学习装置的使用能让低等级宠物共享战斗经验，但需注意避免过度依赖导致队伍等级断层。通信进化类宠物如胡地、怪力等，若无法实现联机，可通过修改版ROM或模拟器特殊设置完成进化。
