口袋妖怪火红作为经典重制作品，其主线剧情围绕关都地区八大道馆挑战与火箭队对抗展开。游戏起始于真新镇，玩家需从大木研究所选择妙蛙种子、小火龙或杰尼龟作为初始宝可梦，随后与劲敌小茂展开首次对战。完成包裹递送任务获取宝可梦图鉴后，需依次挑战尼比市岩石道馆、华蓝市水系道馆等八个属性各异的道馆，每个道馆胜利后获得对应徽章，这是开启冠军之路的必要条件。
主线推进过程中需穿越常磐森林、月见山等特殊地形区域，这些区域不仅存在野生宝可梦捕捉机会，还会触发火箭队相关支线。在月见山深处需击败火箭队成员并选择化石盔或菊石兽化石，该化石后期可在红莲岛研究所复活。获得枯叶市船票后，圣安奴号事件是重要转折点，通过船舱内部战斗获取居合斩秘传机器，才能继续挑战被树木阻挡的枯叶市电系道馆。
火箭队基地渗透是中期关键任务，彩虹市游戏厅海报后的隐藏通道需通过连续调查垃圾桶机关解锁。击败地下四层的坂木老大可获得观测镜，用于解决紫苑镇宝可梦塔的幽灵可视问题。宝可梦笛子作为唤醒卡比兽的关键道具，需在塔顶解救富士老人后获得，此举将开启12号道路与浅红市的新路径。
通关联盟四天王后，剧情延伸至七岛探索。一岛灯火山获取红宝石、三岛果实森林解救小女孩等任务，需配合冲浪与碎石等秘传技能完成。最终在诞生之岛可遭遇代欧奇希斯，而通关后图鉴升级至386版本才能解锁火焰山右侧洞穴的传说宝可梦捕捉。整个流程需平衡道馆挑战、技能学习与道具收集，合理规划队伍属性克制关系是高效通关的核心策略。
